/sys/firmware/acpi/interrupts/gpeXXの数値が高いやつを探せばいいらしいです。
$ grep . -r /sys/firmware/acpi/interrupts
...
/sys/firmware/acpi/interrupts/gpe15: 0 enabled
/sys/firmware/acpi/interrupts/gpe16: 5501 enabled
...
gpe16の値が高いので
$ su
$ echo disable > /sys/firmware/acpi/interrupts/gpe16
としてやるとおさまった。
GPE(general purpose event:ハードウェアのイベントいろいろ)をACPIがハンドルして、ACPIのシグナル管理しているkworkerがおしごと。
というものらしいです。変なイベントを拾ってるのかもしれませんね。
環境
$ uname -a
Linux MacBookPro 3.13.0-61-generic #100-Ubuntu SMP Wed Jul 29 11:21:34 UTC 2015 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux