cmder全体でbeep音を無効にする手順が本家issueに挙がっていたので書いておく。
cmderのインストールされたフォルダで vendor/init.bat を開いて net stop beepとの行を入れてやればcmder全体でbeep音が無効化されるらしい。一応自分の環境では後述の設定をした後にこの設定も入れて確認済み。
どうも後述の設定を入れてもsshでvagrantのvmに入った時等にこれが効いていないらしく、init.batにコマンドを追加した所やっとssh接続中も含めてbeep音を無効化できた。
git bashでの手順 （上述手順を行えば不要？）
echo "set bell-style none" >> ~/.inputrc
上記のように.inputrcにベルを無効にする行を追加しておく。cmderを再起動したら次からは鳴らなくなる。