このページではTrinityを動かすために必要なソフトウェアであるbowtie2のインストール方法を記載しています。
bowtie2とは
次世代シークエンスで得られるリードを、リファレンスに対してマッピングするためのソフトウェアです。
事前準備
ホームディレクトリ直下(~/)にsrcとbinを作っておきます。
/src...パッケージ等を解凍したものの置き場所。
/bin...実行ファイル置き場。
のように置き場所を決めておくと便利です。
インストール
今回インストールするものはプリコンバイル版なので、makeなどの特別な作業は必要ありません。
適当な場所にbowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zipをダウンロードします。
wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.4.3/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zip
以下のコマンドで解凍します。
unzip bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zip
解凍したものを~/srcディレクトリに配置します。
mv bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64 ~/src/
シンボリックリンクを貼ります。
ln -s $HOME/src/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64/bowtie2 $HOME/bin
ln -s $HOME/src/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64/bowtie2-build $HOME/bin