このページではTrinityを動かすために必要なソフトウェアであるbowtie2のインストール方法を記載しています。


bowtie2とは

次世代シークエンスで得られるリードを、リファレンスに対してマッピングするためのソフトウェアです。


事前準備

ホームディレクトリ直下(~/)にsrcとbinを作っておきます。

/src...パッケージ等を解凍したものの置き場所。

/bin...実行ファイル置き場。

のように置き場所を決めておくと便利です。


インストール

今回インストールするものはプリコンバイル版なので、makeなどの特別な作業は必要ありません。

適当な場所にbowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zipをダウンロードします。

wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.4.3/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zip

以下のコマンドで解凍します。

unzip bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zip

解凍したものを~/srcディレクトリに配置します。

mv bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64 ~/src/

シンボリックリンクを貼ります。

ln -s $HOME/src/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64/bowtie2 $HOME/bin

ln -s $HOME/src/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64/bowtie2-build $HOME/bin