このページではTrinityを動かすために必要なソフトウェアであるJellyfishのインストール方法を記載しています。


Jellyfishとは

k-merカウントを行うツールです。


事前準備

ホームディレクトリ直下(~/)にsrcとbinを作っておきます。

/src...パッケージ等を解凍したものの置き場所。

/bin...実行ファイル置き場。

のように置き場所を決めておくと便利です。


インストール

適当な場所にjellyfish-2.2.10.tar.gzをダウンロードします。

wget https://github.com/gmarcais/Jellyfish/releases/download/v2.2.10/jellyfish-2.2.10.tar.gz

注意: Trinityを動かすにはJellyfish version 2以降が必要です。

以下のコマンドで解凍します。

tar xvzf jellyfish-2.2.10.tar.gz

解凍したものを~/srcディレクトリに配置します。

mv jellyfish-2.2.10 ~/src/

~/src配下に置いたTrinityのインストールディレクトリに移動します。

cd ~/src/jellyfish-2.2.10

configureを行います。その時、自分のホームディレクトリにインストールされるようにオプションをつけます。

./configure --prefix=$HOME

makeを行います。

make

これでインストール完了です。