このページではTrinityを動かすために必要なソフトウェアであるJellyfishのインストール方法を記載しています。
Jellyfishとは
k-merカウントを行うツールです。
事前準備
ホームディレクトリ直下(~/)にsrcとbinを作っておきます。
/src...パッケージ等を解凍したものの置き場所。
/bin...実行ファイル置き場。
のように置き場所を決めておくと便利です。
インストール
適当な場所にjellyfish-2.2.10.tar.gzをダウンロードします。
wget https://github.com/gmarcais/Jellyfish/releases/download/v2.2.10/jellyfish-2.2.10.tar.gz
注意: Trinityを動かすにはJellyfish version 2以降が必要です。
以下のコマンドで解凍します。
tar xvzf jellyfish-2.2.10.tar.gz
解凍したものを~/srcディレクトリに配置します。
mv jellyfish-2.2.10 ~/src/
~/src配下に置いたTrinityのインストールディレクトリに移動します。
cd ~/src/jellyfish-2.2.10
configureを行います。その時、自分のホームディレクトリにインストールされるようにオプションをつけます。
./configure --prefix=$HOME
makeを行います。
make
これでインストール完了です。