このページではTrinityを動かすために必要なソフトウェアであるSalmonのインストール方法を記載しています。

Salmonとは

事前準備

ホームディレクトリ直下(~/)にsrcとbinを作っておきます。

/src...パッケージ等を解凍したものの置き場所。
/bin...実行ファイル置き場。

のように置き場所を決めておくと便利です。

今回インストールするものはプリコンバイル版なので、makeなどの特別な作業は必要ありません。

適当な場所にsalmon-0.12.0_linux_x86_64.zipをダウンロードします。

wget https://github.com/COMBINE-lab/salmon/releases/download/v0.12.0/salmon-0.12.0_linux_x86_64.tar.gz

以下のコマンドで解凍します。

tar xvzf salmon-0.12.0_linux_x86_64.tar.gz

解凍したものを~/srcディレクトリに配置します。

mv salmon-0.12.0_linux_x86_64 ~/src/

シンボリックリンクを貼ります。

ln -s $HOME/src/salmon-0.12.0_linux_x86_64/bin/salmon $HOME/bin