個人的に、こういう設計で開発を進めると良いんじゃないかな、という概念図。

全体

開発時

開発用DBを使って動きを確認しつつ、FuelPHPのプロジェクトファイルを変更。

テスト実行時

テストは、主に

モジュール開発時のユニットテスト
git push する前の受入テスト
の2つ。

テスト実行前にDBダンプファイルからテスト用DBにインポート。
その後、テスト用DBに対して自動でテストを実行。

検証時

本番環境に適用する前に、検証環境に適用し、本当に問題がないか確認する。
(検証環境にアクセスできる人は制限する)

検証環境にログインして、git pullとoil r migrateを実行。

本番環境適用時

本番環境にログインして、git pullとoil r migrateを実行。

追記

自分の開発環境では、ユニットテスト時のDBはダンプファイルを利用するのではなく、fixtureファイルをインポートしています。
(「はじめてのフレームワークとしてのFuelPHP」の開発手順を真似させてもらってます)
ダンプファイル単位で操作するより、ユニットテストに必要なテーブルだけゴニョゴニョできるのがメリットかと思います。