mkvtoolnix をインストールする

$ sudo aptitude install mkvtoolnix

チャプターごとに分割

$ mkvmerge -o hoge.mkv --split chapters:all original.mkv

hoge-000.mkv, hoge-001,mkv のように連番でチャプター分割されたmkvファイルが作成される

# 01:23〜10:20と10:54〜12:34を切り出す場合
$ mkvmerge --split parts:01:23-10:20,10:54-12:34 -o hoge.mkv original.mkv

それぞれの範囲が hoge-000.mkv, hoge-001.mkv で作成される。

$ mkvmerge -o hoge.mkv a.mkv + b.mkv + c.mkv