ナノ秒まで測れる簡単な方法が見つからなかったので作成しました。
python3.7以降で使えます。

時間計測デコレータ

import time
from functools import wraps

def proc_time(f):
    @wraps(f)
    def _wrapper(*args, **kwargs):
        st = time.perf_counter_ns()
        res = f(*args, **kwargs)
        t = (time.perf_counter_ns() - st) * 0.000000001
        print(f'{format(t,".2E")} sec')
        return res
    return _wrapper

実行テスト

@proc_time
def a():
    pass

a()

結果

7.70E-07 sec

軽い関数を用意して100nsオーダーまで計測できることを確認しました。