AmberTools21をインストールしたい！
環境構築って躓きどころがたくさんありますよね。
わかるわかる。
私が初めて環境構築という言葉に向き合ったのはPythonの勉強をし始めたとき。
Anacondaのインストールの方法すらおぼつかないレベルでした。
私は現在創薬化学を学ぶ修士の学生ですが、計算とは全く関係のない研究室に所属しているため、なんとか自力で化合物とタンパク質間のドッキングシミュレーションを行うことを目指しています。
でもネットに載ってる情報って当たり前じゃないことが当たり前のように書いてあるし初心者にはハードル高すぎです。
そんな学生が私以外にもたくさんいるのではないでしょうか？？
私はそんな人々の光になりたい！という思いで初心者目線のドッキングシミュレーション、しかも全て無料でできる方法を模索しております。
大体完成に近づいてはいますがブラッシュアップなどを行なっております。
半年くらいかけて全て公開して、創薬化学を学ぶ全ての学生の力になれれば良いなと思います。
※用語解説などに間違いがあることが予測されます。有識者の方はそっと教えてください。
#PC環境
Mac OS Big Sur 11.2.1
プロセッサ:3.2GHz 6core intel core i7
メモリ:64GB 2667MHz DDR4
グラフィックボード:なし
#インストールしてみよう
基本的には公式サイトのoption2に則ります。
Download Amber MD
option1は前のバージョンがインストールされている人向け、option3も試しましたがmakeの段階でエラーが出たのでoption2が最もスムーズにできると思います。
まずはcondaを使えるようにする。
brew install conda
次にcondaまでのPATHを通す。
export PATH="$PATH:~/bin"
option2に従ってインストールする。（1行ずつ入力してね）
conda create --name AmberTools21
conda activate AmberTools21
conda install -c conda-forge ambertools=21 compilers
conda update -c conda-forge ambertools
これでambertools21のインストールは完了。このファイルはcondaが格納されているファイルのenvsに入っているので、ambertoolsまでのPATHを通しておくと楽。
export PATH="$PATH:~/envs/AmberTools/bin"
これでどのディレクトリからでもantechamberなどが使えます。
antechamberでどんなことができるのかなどは他の方が詳しく説明をされているのでそちらをご覧になってください。
antechamberを使ったMD用小分子化合物の電荷パラメータの作り方 - Qiita