hubotをすでにslackと連携していて、全く同じbotを別のslackに繋げたらいいな、
起動時のパスでトークン渡してるんだから、別のトークン渡せばいいんじゃない？と思ったんです。
ところがうまくいかなかったので調べました。

雰囲気から察するに、複数起動できない時やはslack adapter関係なさそうなので、
複数のhubotを起動したかったんだけどうまくいかない！っていう時はチェックしてみてください。

TL;DL

hubotを複数起動するにはPORT環境変数の指定が必要なことがある
bin/hubot はシェルスクリプトなのでお気に召すままカスタマイズ

やってみた

エラーがでて2個目が起動しません。

[Wed Apr 25 2018 13:35:47 GMT+0900 (JST)] ERROR Error: listen EADDRINUSE 0.0.0.0:8080
  at Object._errnoException (util.js:1022:11)
  at _exceptionWithHostPort (util.js:1044:20)
  at Server.setupListenHandle [as _listen2] (net.js:1367:14)
  at listenInCluster (net.js:1408:12)
  at doListen (net.js:1517:7)
  at _combinedTickCallback (internal/process/next_tick.js:141:11)
  at process._tickCallback (internal/process/next_tick.js:180:9)

ということでググってみると、
-デフォルトでport 8080として起動する
-変更するには環境変数PORTを設定する

ということがわかりました。

また、 hubot の bin/hubot は実はshell scriptなので、こいつの中で環境変数を設定してやればいいようです。
せっかくなので、起動用のスクリプト内でtoken指定やadapter 指定もしてしまいましょう。
ついでに npm installをこのスクリプトが毎回やっているのですが、起動が遅くなるので必要なタイミングで自分でnpm installできるなら消してしまっていいと思います。

そんな感じで出来上がった起動スクリプトがこんな感じ

hubot-a

# !/bin/sh

set -e

export PATH="node_modules/.bin:node_modules/hubot/node_modules/.bin:$PATH"
# 他と被らないPORTを指定する
export PORT=8091 
# slack token
export HUBOT_SLACK_TOKEN=xxx-99999999999-XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX
# -a(--adaptor)でアダプターを決め打ちする
exec node_modules/.bin/hubot --name "hubots" "$@" -a slack

2個目のhubotについては、これをコピーしてslack tokenとportだけ書き換えればOKです。

参考

SSH - 一つのVPSサーバーでhubotを複数起動することは可能でしょうか？(112248)｜teratail