$app->loadEnvironmentFrom('.env.example');

loadEnvironmentFromでenvをロードしてるわけではない。.envを上書きしてるだけ。.envとloadEnvironmentFrom()の引数の.envが両方ロードされることもない

    /**
     * The environment file to load during bootstrapping.
     *
     * @var string
     */
    protected $environmentFile = '.env';

    public function loadEnvironmentFrom($file)
    {
        $this->environmentFile = $file;

        return $this;
    }