表題通り。
include オプションは、exclude オプションに対して適用されるみたいなので、
両方設定しないと上手く動作しません。
※ exclude で対象外にしたファイル（オブジェクト）に対して、
include で対象にしたいファイル（オブジェクト）を指定するみたい。
例
aws s3 rm --region ap-northeast-1 s3://mybucket/ --recursive --exclude "*" --include "empty" --include "*/empty" --dryrun
↑のコマンドは、
mybucket 内から empty という名前のファイルを再帰的に削除するという意味で、
それぞれのオプションの意味は、
--recursive … 再帰的に実行
--exclude "*" … 全てのファイルを対象外に
--include "empty" … mybucket 直下の empty ファイルを対象に
--include "*/empty" … ディレクトリ以下の empty ファイルを対象に（↑と両方入ります）
--dryrun … テスト実行
上記コマンドから --exclude "*" がないと --include が無視され、
全ファイル（オブジェクト）が削除されるので注意！