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ggplotで平行座標、散布図行列を描く

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はじめに

データの可視化について
* 平行座標プロット
* 散布図行列

が便利だよ、ということなので使ってみる。

平衡座標プロット

キモはID列をつくって、groupで行ごとにプロットさせることらしい。
また、必要に応じて変数を正規化する。

parallel_plot.r
library("tidyverse")

ggplot(iris %>% 
         sample_n(15) %>% #数が多いので一部のみ抽出
         mutate(ID = 1:n()) %>% #ID割り振り
         mutate_if(is.numeric,scale) %>%  #正規化
        gather(key,value,c(1,1:4)), #long styleに変換
        aes(key,value,group=ID,colour=Species))+ 
    geom_line() +
    geom_point(size=2,shape=1) #軸との交点を見やすくするオプション

parallel.jpeg

散布図行列

GGallayを使って一発

scatter_plot_matrix.r
library("ggplot2")
library("GGally")

ggpairs(iris,aes_string(colour="Species")

sanpu.jpeg

参考サイト

統計はデータと人間のインターフェース ~統計数理研究所 中野純司先生インタビュー〜
How to plot parallel coordinates with multiple categorical variables in R
【Rメモ】多変数の関係性を視覚化する関数(パッケージ)まとめ

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