Blast+
ローカルBlastはweb版と比較して動作が早いというメリットがあります。また、web版と比較してとっつきにくい印象がありますが、基本コマンドを理解していれば使いこなすことができると思うのでそれらを羅列しました。
基本コマンド
データベースを作成する
makeblastdb -in データベース名 -dbtype prot -hash_index
検索系
- 検索(核酸)
blastn -db データベース名 -query 入力ファイル -out 出力ファイル
- 検索(アミノ酸)
blastp -db データベース名 -query 入力ファイル -out 出力ファイル
- 検索(核酸から翻訳したアミノ酸)
tblastx -db データベース名 -query 入力ファイル -out 出力ファイル