原因
Electronは標準でWayland対応を有効にした起動フラグを読み込むようになっているが、VSCodeは独自Electronであるので、システムのElectronの設定を読み込まない?(参考:https://wiki.archlinux.jp/index.php/Visual_Studio_Code#Wayland_.E3.81.A7.E3.83.8D.E3.82.A4.E3.83.86.E3.82.A3.E3.83.96.E3.81.AB.E5.AE.9F.E8.A1.8C.E3.81.99.E3.82.8B)
解決方法
~/.config/code-flags.confを編集(無ければ作成)し、以下を追記
--ozone-platform=wayland