SEIR モデルの日本語表示

次のページを参考にしました。
【minimize入門】SEIRモデルでデータ解析する♬

1000 人の孤立した島に、1 人の感染者がいたらどうなるかというモデルです。パラメータの設定で結果はかなり変わります。

seir.py

#! /usr/bin/python
#
#   seir.py
#
#                       Aug/26/2020
# ------------------------------------------------------------------
import sys
import numpy as np
from scipy.integrate import odeint
from scipy.optimize import minimize
import matplotlib.pyplot as plt

# ------------------------------------------------------------------
def seir_equation(vv,t,beta,sigma,gamma,N):
    ss = vv[0]
    ee = vv[1]
    ii = vv[2]
#
    yprime = np.zeros(4)
    yprime[0] = -beta * ss * ii / N
    yprime[1] = beta* ss * ii/N - sigma * ee
    yprime[2] = sigma * ee - gamma * ii
    yprime[3] = gamma * ii
#
    return yprime
#
# ------------------------------------------------------------------
sys.stderr.write("*** start ***\n")

S_0 = 999.0
I_0 = 0.0
E_0 = 1.0
R_0 = 0.0

N = S_0 + E_0 + I_0 + R_0

beta = 6.87636378
sigma = 1. / 1.21965986
gamma = 1. / 2.01373496

ini_state=[S_0,E_0,I_0,R_0]
t_max = 14
dt = 0.01
tt=np.arange(0,t_max,dt)
#
plt.rcParams["font.family"] = "IPAGothic"
plt.title("SEIR モデル")
plt.plot(tt,odeint(seir_equation,ini_state,tt,args=(beta,sigma,gamma,N)))
plt.legend(['S: 未感染者','E: 潜伏者','I: 感染者','R: 回復者'])
#
plt.show()

sys.stderr.write("*** end ***\n")
# ------------------------------------------------------------------

Arch Linux で確認しました。

$ uname -a
Linux iwata 5.8.3-arch1-1 #1 SMP PREEMPT Fri, 21 Aug 2020 16:54:16 +0000 x86_64 GNU/Linux

$ python --version
Python 3.8.5