リスト内包表記 を使います。
プログラム
remove_list.py
#! /usr/bin/python
list_aa = [1, 2, 3, 3, 4, 5, 4, 5, 6]
list_bb = [4,5]
print(list_aa)
print(list_bb)
bb_set = set(list_bb)
new_list = [item for item in list_aa if item not in bb_set]
print(new_list)
実行結果
$ ./remove_list.py
[1, 2, 3, 3, 4, 5, 4, 5, 6]
[4, 5]
[1, 2, 3, 3, 6]