1) iPhone7にはモバイル FeliCa SEが載っている。

Engadget の記事「 iPhone 7の電池が切れてもSuicaは使える? JR東日本『使えますが...』」によると、電源オフでもSUICAが使えると書いてある。

「基本的には、(Androidスマホ等にすでに提供中の)モバイルSuicaと同じイメージ。
電池が切れてもしばらくは使える。ただ可能であれば充電して使っていただくことに
なる」(JR東日本広報部)

電源オフ時でも使えるということは、 iPhone 7 はHCE (Host based Card Emulation) でなく、"おサイフケータイ"と同じように Secure Element を端末に搭載しているということになる。 HCEだとソフトウェア処理が必要なので、電源オフ時には使用できない。

なので、iPhone7にはモバイル FeliCa SEが載っていると予想します。

2) iPhone7には、第3世代のモバイルFeliCa SE が載っている。

モバイル FeliCa SEには３つの世代があります。

第１世代のモバイル FeliCa SEはソニー製で、もう製造されていない。　
第２世代のモバイル FeliCa SEは2007年から製造され、２０１６年現在も使用されている。ソニー製、ルネサス製、東芝製がある。
第３世代のモバイル FeliCa SEは2016年から背製された。東芝製、Sumsung製がある。

モバイルFeliCa SEの製造元、製造年の情報は、ちょっと前に「Mobile FeliCa SEチップのCC認証」の記事で調べました。

2014年ごろの記事「iPhoneでも「おサイフケータイ」を実現？！、ソニーとフェリカネットワークスが新技術や新コンセプトを披露」によると、第３世代のモバイル FeliCa ICチップの特徴は、NFC標準規格のCLFに対応したことのようです。

なので、NXPのNF対応CLFと接続する場合は、NFC標準規格のCLFと接続可能な第３世代のMobile FeliCa SEである必要があると予想します。

3) NXPのNFCパッケージ内にMobile FeliCa SEのダイが入っている。

2016-09-24 時点の情報では、どこにSEが載っているかは不明です。

chipworksのiPhone SEの分解レポートによると、NFCのチップのパッケージにNXP製SEのダイが入っていました。多分これはApple Payで使うSEだと思います。

モバイルFeliCaのSEチップも同様にNFCチップのパッケージ内に入っていると予想します。

iPhone7のNFCチップのパッケージの中には、NFCチップのダイ、ApplePay用SEのダイ、モバイルFeliCa SEのダイの３つが入っていると予想します。。

早くNFCチップを分解した結果を出して欲しいところです。