EclipseでSpring Bootのプロジェクトを実行しようとした時、以下のエラーメッセージがコンソールに出力されました。
エラー: メイン・クラス ○○ が見つからなかったかロードできませんでした
「実行 ／ デバッグ の構成」の「クラスパス」タブで、「一時 JAR を使用してクラスパスを指定する（クラスパスの長さ制限を避けるため）／Use temporary jar to specify classpath (to avoid classpath length limitations)」をチェックして起動すると、エラーが解消され、アプリケーションを起動できました。
以下のStackOverflowの投稿で見つけました。
Eclipse 4.9で導入された機能でした。