##ディレクトリ構成
基本構成は以下で、appの下の_init_.pyに初期動作を書きこむ。

root/
┣run.py
┣app/
　┣_init_.py
　┣config.py
　┣module1/
　　┣_init_.py
　　┣models.py
　　┣controllers.py
　　┣forms.py
　┣templates/
　┣static/

run.py

from app import create_app

if __name__ == "__main__":
    app = create_app()
    app.run()

app/__init__.pyy

from flask import Flask
from flask_debugtoolbar import DebugToolbarExtension
from flask.ext.sqlalchemy import SQLAlchemy # Import SQLAlchemy
from flask.ext.mongoengine import MongoEngine # Import Mongoengine
from flask.ext.admin import Admin
from app import config

# app setup
db = SQLAlchemy()
mongodb = MongoEngine()
admin = Admin()
toolbar = DebugToolbarExtension()

def create_app():

    app = Flask()
    app.config.config_from_object(config)

    #Initializing
    db.init_app(app)
    mongodb.init_app(app)
    admin.init_app(app)
    toolbar.init_app(app)

   # Import a module
    from app.module1.controllers import mod_app

    # Register blueprint(s)
    app.register_blueprint(mod_app)

    # Build the database:
    # This will create the database file using SQLAlchemy
    db.create_all()

    return app

こんな感じでしておけば、各モジュールで、url_prefixを指定しておき、register_bluepointで登録でいける。
configはファイルのままでもOKだが、windowsなどの場合"../"は微妙なので、importしてからオブジェクトで読ますのがいいと思う。
templatesやsataticはどこでもいいが、appの下がスマート。