前提

Mac向けの設定です。他のOSはパスやインストール済みのフォントが異なるのでそのまま流用はできません。

動機

MatplotlibはPythonのグラフ描画ライブラリだが、既定では日本語を表示することができない。（豆腐になる）
既定では日本語文字を含まないフォントを参照しているというべきか。なので、日本語文字を含むフォントを参照するように指定すればよい。

しかし、Python仮想環境を作るたびに、あるいはMatplotlibを使うたびに設定するのは非常に面倒なので、グローバルに設定して以降ずっと（新たに仮想環境を作っても）その設定で動いてほしい。

結論

~/.matplotlib ディレクトリに matplotlibrc というファイルを作成し、以下の内容にすればよい。

font.family : Hiragino Sans

補足

このためにフォントをインストールするのは面倒なので、インストール済みのフォントを指定すればいいはずと思いました。
Hiragino Sans は私の環境だと最初から入っていたので、これにしました。（入れた覚えがないので、Macならたぶん最初から入ってます）
もしかしたら他にもっといい選択肢があるかもしれません。