fatal: Unable to write new index fileでcommitができない

結論

公式のgit.exeでリポジトリをクローンすればよい。

どうしてこうなったか

Windows環境でnuxtを動かそうとしてハマりにハマった。
hyperを使うことで簡単にfish-shellの環境は作れたもののそのままリポジトリをクローンしたらコミットができなくなった。