GlueのジョブでDynamicFrameを使ってデータをRDSに書き込むとき、
追記（Append）で書き込むため、同じジョブを動かすとデータが重複してしまいます。

DynamicFrameをDataFrameに変換すると、上書きモードで書き込むことができます。

自動生成されたジョブのコードに以下を追記します。
JDBCの接続定義が用意されてることが前提です。

#datasink4 = glueContext.write_dynamic_frame.from_jdbc_conf(frame = dropnullfields3, catalog_connection = "MyConnection", connection_options = {"dbtable": "my_table", "database": "my_database"}, transformation_ctx = "datasink4")

# 接続定義からJDBC情報を取得
jdbc_conf = glueContext.extract_jdbc_conf(connection_name='MyConnection')

# DynamicFrameをDataFrameに変換
df = dropnullfields3.toDF()

# DataFrameをテーブルに書き込み（上書きモード）
df.write \
    .format("jdbc") \
    .option("url", jdbc_conf['url']) \
    .option("dbtable", "my_database.my_table") \
    .option("user", jdbc_conf['user']) \
    .option("password", jdbc_conf['password']) \
    .mode("overwrite") \
    .save()

job.commit()

例では、S3のデータをAurora Serverless MySQLに書き込んでいますが上書きできました。