EloquentでModelに論理削除（SoftDeletes）を設定しておくと、デフォルトでdeleted_at is nullをWHERE条件に入れてSQLを発行してくれます。

しかし、テーブル結合（JOIN）をした場合、結合したテーブルに対して論理削除の抽出条件が効きません。

$users = User::join('deptments', 'users.deptment_id', '=', 'deptments.id')->get();

select
  * 
from
  `users` 
  inner join `deptments` 
    on `users`.`deptment_id` = `deptments`.`id` 
where
  `users`.`deleted_at` is null

それならとwhereを設定してみるも、これだとLEFT JOINの場合に結合しなかったusersテーブルのレコードが抽出されなくなってしまいます。

$users = User::join('deptments', 'users.deptment_id', '=', 'deptments.id')
             ->where('deptments.deleted_at', null)->get();

select
  * 
from
  `users` 
  inner join `deptments` 
    on `users`.`deptment_id` = `deptments`.`id` 
where
  `deptments`.`deleted_at` is null 
  and `users`.`deleted_at` is null

第二引数にクロージャを渡すとJOIN句の中で複数の抽出条件を使えるようになります。

$users = User::join('deptments', function ($join) {
            $join->on('users.deptment_id', '=', 'deptments.id')
                 ->where('deptments.deleted_at', null);
         })->get();

select
  * 
from
  `users` 
  inner join `deptments` 
    on `users`.`deptment_id` = `deptments`.`id` 
    and `deptments`.`deleted_at` is null 
where
  `users`.`deleted_at` is null

意図したSQLを発行することができました。