case1では、ソースは "Docker HUb"を用い、実行は "run" コマンド でコンテナ内のtensorflowを実行します。また、本ページの親ページはこちらにあります。
前提条件
Singularity がインストールされていること
Hands-on1 で作成した local container から writableな sandboxのコンテナーを作成する
Singularity コンテナーの作成
command@host
CONTAINER_NAME="sbcontainer.img"
SOURCE_IMAGE="container.img"
command@host
sudo singularity build --sandbox ${CONTAINER_NAME} ${SOURCE_IMAGE}
生成物の確認
command@host
ls -l ${CONTAINER_NAME}
response@host
total 84
drwxr-xr-x 2 root root 4096 Dec 8 10:21 bin
drwxr-xr-x 2 root root 4096 Apr 12 2016 boot
drwxr-xr-x 2 root root 4096 Nov 14 13:48 dev
lrwxrwxrwx 1 root root 36 Oct 29 04:09 environment -> .singularity.d/env/90-environment.sh
drwxr-xr-x 51 root root 4096 Dec 8 10:21 etc
drwxr-xr-x 2 root root 4096 Apr 12 2016 home
drwxr-xr-x 8 root root 4096 Dec 8 10:21 lib
drwxr-xr-x 2 root root 4096 Nov 14 13:49 lib64
drwxr-xr-x 2 root root 4096 Nov 14 13:48 media
drwxr-xr-x 2 root root 4096 Nov 14 13:48 mnt
drwxr-xr-x 2 root root 4096 Dec 8 10:23 notebooks
drwxr-xr-x 2 root root 4096 Nov 14 13:48 opt
drwxr-xr-x 2 root root 4096 Apr 12 2016 proc
drwx------ 4 root root 4096 Dec 8 10:23 root
drwxr-xr-x 5 root root 4096 Dec 8 10:21 run
-rwxr-xr-x 1 root root 733 Dec 8 10:20 run_jupyter.sh
drwxr-xr-x 2 root root 4096 Nov 17 21:59 sbin
lrwxrwxrwx 1 root root 24 Oct 29 04:09 singularity -> .singularity.d/runscript
drwxr-xr-x 2 root root 4096 Nov 14 13:48 srv
drwxr-xr-x 2 root root 4096 Feb 5 2016 sys
drwxrwxr-x 3 root root 4096 Dec 8 10:22 tmp
drwxr-xr-x 10 root root 4096 Nov 14 13:48 usr
drwxr-xr-x 11 root root 4096 Nov 14 13:49 var
コンテナーの ubuntu を update する
コンテナーへのログイン(書き込みモード)
command@host
sudo singularity shell --writable ${CONTAINER_NAME}
コンテナー内のパッケージをアップデート
command@container
apt-get update
apt-get install wget
MNISTのダウンロード
MNISTをダウンロードします.
command@container
cd /
wget https://raw.githubusercontent.com/tensorflow/tensorflow/r1.4/tensorflow/examples/tutorials/mnist/mnist_softmax.py
command@container
exit
Tensorflowの実行 (runコマンド経由)
inspectコマンドによるランスクリプトの確認
inspect コマンドを使って、コンテナーのランスクリプトの内容を確認します。
command@host
singularity inspect -r ${CONTAINER_NAME}
response@host
#!/bin/sh
exec "/run_jupyter.sh" "--allow-root"
現状だとjupyterが立ち上がるようです。
ランスクリプトの編集
このランスクリプトを編集します。
command@host
sudo vi ${CONTAINER_NAME}/.singularity.d/runscript
内容は以下のようにします。
編集内容
#!/bin/sh
#exec "/run_jupyter.sh" "--allow-root"
exec python /mnist_softmax.py
MNIST on tensorflow の実行
ランスクリプトを実行します。下記の例のように最後に "0.9197" のような数字がでれば完成です。
command@host
singularity run ${CONTAINER_NAME}
response@host
Extracting /tmp/tensorflow/mnist/input_data/train-images-idx3-ubyte.gz
Extracting /tmp/tensorflow/mnist/input_data/train-labels-idx1-ubyte.gz
Extracting /tmp/tensorflow/mnist/input_data/t10k-images-idx3-ubyte.gz
Extracting /tmp/tensorflow/mnist/input_data/t10k-labels-idx1-ubyte.gz
2018-01-21 06:39:08.614155: I tensorflow/core/platform/cpu_feature_guard.cc:137] Your CPU supports instructions that this TensorFlow binary was not compiled to use: SSE4.1 SSE4.2 AVX AVX2
0.9197