はじめに
公式ページを参考に singularity をMacにインストールします。Macのみ下記にまとめました。その他の環境は公式ページを参照してください。
内容としては、Vagrant + virtualbox と Ubuntu を使ってMac上で Singularityをインストールし、テスト実行する方法までを示しています。
またこのレシピはOS Xのbrewにアクセスする必要があります。
Installation
必要パッケージのインストール
もし brewを使っていなければ、下記コマンドでインストールします。
command
/usr/bin/ruby -e "$(curl -fsSL https://raw.githubusercontent.com/Homebrew/install/master/install)"
Mac に vagrant (仮想開発環境構築ソフトウェア) と Virtualbox をインストールします。
command
brew cask install virtualbox
brew cask install vagrant
brew cask install vagrant-manager
singularity用仮想マシンの構築
command
mkdir singularity-vm
cd singularity-vm
command
vagrant destroy
もしはじめて起動する場合は、下記のようなメッセージがでますが無視して良いです。
response
A Vagrant environment or target machine is required to run this
command. Run `vagrant init` to create a new Vagrant environment. Or,
get an ID of a target machine from `vagrant global-status` to run
this command on. A final option is to change to a directory with a
Vagrantfile and to try again.
singularity-2.4 のセットアップと Ubuntu(仮想マシン) へのログイン
command
vagrant init singularityware/singularity-2.4 # Create Vagrantfile
vagrant up # download/setup singularity-2.4 on virtualbox
vagrant ssh
動作確認: Hello world
Checking OS
OS(ubuntu) のバージョン確認。公式ページには明示されていなかったが、16.04が入っている。
command&response
vagrant@vagrant:~$ uname -a
Linux vagrant 4.4.0-75-generic #96-Ubuntu SMP Thu Apr 20 09:56:33 UTC 2017 x86_64 x86_64 x86_64 GNU/Linux
command&response
vagrant@vagrant:~$ cat /etc/lsb-release
DISTRIB_ID=Ubuntu
DISTRIB_RELEASE=16.04
DISTRIB_CODENAME=xenial
DISTRIB_DESCRIPTION="Ubuntu 16.04.3 LTS"
singularity command path & version
singularity コマンドのパスとバージョンの確認
command&response
vagrant@vagrant:~$ which singularity
/usr/local/bin/singularity
vagrant@vagrant:~$ singularity --version
2.4-dist
Hello world
command&response
vagrant@vagrant:~$ sudo singularity build growl-llo-world.simg shub://vsoch/hello-world
Cache folder set to /root/.singularity/shub
Progress |===================================| 100.0%
Building from local image: /root/.singularity/shub/vsoch-hello-world-master.simg
Building Singularity image...
Singularity container built: growl-llo-world.simg
Cleaning up...
vagrant@vagrant:~$ ./growl-llo-world.simg
RaawwWWWWWRRRR!!