メモ的な記事です。追加があれば増えます。

file -> settings -> -> Code Style : Enable formatter markers in commentsにチェック
// @formatter:off
// 設定すると、ここの部分にはフォーマットが掛からない
// @formatter:on

file -> settings -> Plugins -> Browse repositories -> Save Actions のプラグインを入れる
file -> settings -> Other Settings -> Save Actions 色々とあるがお好みで。

File - Settings - inspections - General Duplicated Code 　　のチェックボックスを外す

file - settings - General - Console

IntelliJ
Settings > General > Code Folding を選択し、「One-line methods」のチェックボックスを外す

File - settings - Editor - General - Editor Tabs の「Hide tabs if ghere is no space」のチェックを外す

プロジェクトフォルダ右クリック - Open Module Settings - Dependencies - SDKを指定

View - Toolbarにチェックを付ける（戻る・進むボタンを出す）

基本は、下記を参照してほしいです。下記から抜粋しています。
本家ドキュメント参照

linux
/home/user-hoge/idea-IU-181.4203.550/bin/format.sh

mac
/Applications/IntelliJ\ IDEA\ 15.app/Contents/bin/inspect.sh

File - settings - Editor - Code Style
Scheme:の行の横の歯車ボタン
から、設定をExportできる。
ExportしたIdeaの設定を指定したフォーマットも出来る

下記は、/tmpにExportした設定を読み込んだ場合の実行方法

/home/user-hoge/idea-IU-181.4203.550/bin/format.sh -s /tmp/Default.xml -r hogedir

拡張子指定も出来る

/home/user-hoge/idea-IU-181.4203.550/bin/format.sh -s /tmp/Default.xml -r -m *.js,*.html hogedir