ssh-addで登録した鍵を個別に削除したい場合、例えばawsの用にpemファイルしかない場合に
Bad key file .ssh/xxxx.pem: No such file or directory
のようにエラーが出ることがある。この場合、同じディレクトリに公開鍵無いことが問題なので、以下のように同じディレクトリに公開鍵を生成すると上手くいくようになる。
$ ssh-keygen -y -f ~/.ssh/xxx.pem > ~/.ssh/xxx.pem.pub
$ ssh-add -d ~/.ssh/xxx.pem
Identity removed: .ssh/xxx.pem (.ssh/xxx.pem.pub)