症状
linuxのqueueシステムで長大計算をしているときに，
cat job_file.e13023
FILE :in `p': Stale file handle @ rb_io_flush_raw - <STDOUT> (Errno::ESTALE)
なるエラーを吐いて，ジョブが中断されます．
原因
gitでpull.rebaseでやっているときにおかしくなります．
対策
- 長大計算のdirectoryはgitしない!
- mergeだとOK? -> !
詳細
linux上でqueueに長大計算させている時に，jobが中断されることが発生しました．Errorが記録されるのが，
bob@asura0 ~/n/frenkel (main)> ls -lat */*.e*
-rw-r--r-- 1 bob users 408 4月 4 16:40 v096_l050_r0_t700/fp3_4k_096.e13027
-rw-r--r-- 1 bob users 408 4月 4 16:40 v096_l000_r0_t700/fp3_4k_096.e13025
-rw-r--r-- 1 bob users 408 4月 4 16:40 v096_l000_r0_t500/fp3_4k_096.e13024
-rw-r--r-- 1 bob users 408 4月 4 16:40 v096_l000_r0_t900/fp3_4k_096.e13023
-rw-r--r-- 1 bob users 408 4月 4 16:39 v096_l050_r0_t900/fp3_4k_096.e13026
-rw-r--r-- 1 bob users 408 4月 4 16:39 v096_l050_r0_t500/fp3_4k_096.e13028
-rw-r--r-- 1 bob users 0 4月 4 16:39 i8k_v096_l100_r0_t900/fp3_8k_v096.e13029
と，一斉に止まりますが，jobによって中断時期が不確定でapplicationのバグと思えなかったのです．
で，gitの同期をかけているので怪しいと思って実験をしてみると，
> git pull origin main (base)
> qstat -f
all.q@asura1 BIP 0/64/64 64.03 linux-x64
13032 0.60500 fp3_4k_096 bob r 04/06/2023 14:52:50 64
> ls -lat */*.e*
-rw-r--r-- 1 bob users 0 4月 6 14:57 v096_l1000_r1_t500/fp3_4k_096.e13037
> ls -lat */*.e*
-rw-r--r-- 1 bob users 408 4月 6 16:12 v096_l1000_r1_t500/fp3_4k_096.e13037
となります．
> git config -l
pull.rebase=true
となっているのが原因かな．Fileを書き換えるので，i-nodeが変わるようです．
> git config --global pull.merge true
> git config --global pull.rebase false
> git config -l
pull.rebase=false
pull.merge=true
として計算をqsubしたのちにgit pullをかけたところ
> git pull origin main
> date
2023年 4月 6日 木曜日 16:40:30 JST
> ls -lat
-rw-r--r-- 1 bob users 29500 4月 6 16:41 fp3_l100_r1_t900.o13038
-rw-r--r-- 1 bob users 0 4月 6 16:36 fp3_l100_r1_t900.e13038
と無事計算が進みました．やれやれ．
- source ~/current_research/higher_moment/new_moment_al/docs/Qiita_git_file_stale.org