手動でMacのキーボード設定アシスタントを起動する
通常初めてWindowsキーボード（JIS配列）を接続した際には自動的にキーボード設定アシスタントが起動して配列設定などをおこなうことができる。
しかし一部Bluetoothキーボードなどを接続した際には自動的にキーボード設定アシスタントが起動しない場合がある。その場合には以下のパスにあるキーボード設定アシスタントを起動すれば設定することができる。
※v10.12(Sierra)環境
/system/Library/CoreServices/KeyboardSetupAssistant
※kzthrkさんにHigh Sierraにてご確認いただいた場合以下のような手順だったそうです。
手元の環境はHigh Sierraですがパスとしては以下です。
/system/Library/CoreServices/KeyboardSetupAssistant.app
ターミナルからだとディレクトリになってしまうので、Finderでここへくるとアプリとして認識されていて起動できます。
以前使っていた環境ではキーボード設定画面から「キーボードの種類を変更」ボタンがあったが、なぜかボタンが表示されていなかったので焦ったがこれで解決した。
参考：
Appleフォーラム
https://discussionsjapan.apple.com/thread/10180884?start=0&tstart=0