※2022/04の個人的な感想です。間違いがあればご指摘歓迎です。
これが多分ダメなBPインタフェースフォルダの例です。
過去の遺物で。そもそも、こんなに増えるはずじゃなかったんですが、
プロジェクト名（ルートに配置）
┣ Blueprints
┣ Interfaces ＜ここ
┣ Maps
┣ ...
こんな感じで、メッシュとかはサブフォルダ分けしてたんですが、構造体とかが集約されてカオスな感じになってました。
なので、というかそもそも
プロジェクト名（ルートに配置）
┣ 機能1
┃┣ Blueprints
┃┣ Interfaces
┃┣ ...
┣ 機能2
┣ ...
こうやって機能ごとに分けるのがいいんじゃないかと思います。というか、皆そうしてるかも？
そして例えば機能1を移行しても他も芋づるで他の機能の部品が引きづられないのが理想。
機能（モジュール）単位で何事も考えていかないと破綻するって事なのかなと。
レベル内で全部依存させればヨシって事か。
ルートにプロジェクト名のフォルダで置いているけど
UE4の最初のフォルダって実質、namespaceになると思います。
だったらルートはプロジェクト名じゃなくて筆者名とかチーム名にした方が被らないのでは、と思ってます。滅多なことではないと思いますが。