TL;DR
コードが書いてあるウィンドウの右下にある、おそらく「Shift JIS」と書かれているものをクリックし、「エンコード付きで保存」、(おすすめは)「Unicode (UTF-8 署名付き)- コードページ 65001」を選択して「OK」押す。そして実行。
小話
初心者なので許してください。自分の備忘録用にも書いています。何かございましたらマサカリをよろしくお願いいたします。
まずは実例

こんな感じで適当に作ったPython アプリケーション(Pythonであれば多分大丈夫。)
で
# こんにちは
print("Hello, World!")
このような簡単なスクリプトを作成し、実行すると、

このように文字化けしてエラーが出る場合がある。
どうすればいいのか

例えばここの。右下にある。

の「Shift JIS」という場所をクリックし、「エンコード付きで保存」を選択、(おすすめは)「Unicode (UTF-8 署名付き)- コードページ 65001」を選択し、「OK」を押すと実行できる。
以上
終わりに
とくに、エンコード形式については半ば直感で選んでいるので、何かもっといい案があれば教えてもらえればありがたい。