Issue報告すべきなんですが、コードを追えてないのでとりあえずここにメモ。たぶん、速攻で修正されると期待。

アンインストールできない

興味本位で入れたものの、諸事情ですぐにアンインストールしたところではまりました。再現条件は、次の通り。その後、atomの設定が読み込めない、パッケージのロードができないなど、悩まされます。

手動でアンインストール

~/.atom/packages/ディレクトリ内に、この辺のパッケージが残っているので、これをざくっと削除します。config.csonの関連項目も削除したほうが無難かも。

以上です。