状況

PostとTagが多対多の関係で、
TagsController内で指定したTagのidに該当している全てのPost達でPaginationをしたい。

やった方法

TagsController.php

    $tagId = 1; 
	$this->Paginator->settings = array(
		'conditions' => array('PostsTag.tag_id' => $tagId),
		'limit' => 5,
		'joins' => array(
			array(
				'table' => 'posts_tags',
				'alias' => 'PostsTag',
				'type' => 'INNER',
				'conditions' => array(
					'PostsTag.tag_id' => $tagId,
					'PostsTag.post_id = Post.id'
				)
			)
		),
	);
	$posts = $this->Paginator->paginate('Post');
	$this->set('posts', $posts);

自分のモデルに合わせて書き換えて頂ければサクッとpaginationが出来るはずです。
hasManyならjoinsは要りませんのでconditionsでそのまま別モデルの_idを指定すれば取って来れます。

参考にさせて頂いたサイト様
CakePHP how to retrieve HABTM data with conditions?
[アソシエーション: モデル同士を繋ぐ - 2.x - CakePHP Cookbook]
(https://book.cakephp.org/2.0/ja/models/associations-linking-models-together.html#)