EC-CUBE3.1では、DocumentRootの標準がapp/htmlディレクトリからルートディレクトリに変更されます。
3.0.xでは、ルートディレクトリをDocumentRootに指定した場合、アクセスするURLはhttp://xxx.example.com/html/ となってしまいました。
URLからhtmlを削除する方法としてhtmlを削除する手順を提供していましたが、3.1からはこういった対応も不要になります。
experimental/3.1のブランチで、phpのビルトインサーバを使う場合は、htmlディレクトリではなくcurrentディレクトリを指定するようにしてください。
cd ec-cube
php -S localhost:8080 -t ./