EC-CUBE4でfaviconを変更する方法です。
4.0.2から、faviconが管理画面の操作のみで変更できるようになりました。
最新版「EC-CUBE 4.0.2」をリリース。複数の不具合修正とデザインカスタマイズに役立つ機能を追加。(2019/02/27)
ファイル管理でアップロード
ファイル管理から特定のディレクトリにアップロードすることで、faviconが変更できます。
コンテンツ管理>ファイル管理で、assets>img>commonとたどり、favicon.icoをアップロードしてください。
以上の操作で、faviconが更新を更新することができます。
4.0.2以前の変更方法はこちら
https://qiita.com/ryo-endo/items/e413ddbb9ca627029bcf