GitHub には公式の CLI ツールとして GitHub CLI があります。
https://cli.github.com/
CLI の認証情報として渡せる環境変数名には GH_TOKEN と GITHUB_TOKENが対応していますが、両方設定されていた場合は GH_TOKENの方が優先されるというただそれだけの話です。ドキュメントにもそのように記載されています。
https://cli.github.com/manual/gh_help_environment
GH_TOKEN, GITHUB_TOKEN (in order of precedence): an authentication token for github.com API requests. Setting this avoids being prompted to authenticate and takes precedence over previously stored credentials.
ただ、こちらの仕様をすっかり忘れて GITHUB_TOKENにちゃんと設定したはずなのに CLI が動かんとかが稀によく発生していたので備忘録として書きました。特に CI/CD サービスで CLI を利用する際にサービス側の env 設定とかに GH_TOKENが設定されているのに気づかず、 job の中で GITHUB_TOKENに別の token を設定してる場合とかで気づきにくいので気をつけましょう。