cloud9
ファイルの変更、application.rbを変更した場合

変更のあったすべてのファイルをステージングします

$ git add .

ステージングしたファイルをコミットします。

$ git commit -m "Update application"

以下コマンドでherokuをアップデート（時間掛かります）

$ git push heroku master

無事　heroku　が更新できました。

@kosugetakashi様の以下記事を参考にさせていただき自分の環境でも動作を確認させていただきました。
https://qiita.com/kosugetakashi/items/35069c9e3ef8220ed1d2