LaTeX について書くと長くなるので最低限覚えて欲しいことだけ書いてみた
最新の TeXLive を入れる
研究室によっては化石レベルの LaTeX を使っているかもしれない
しかし LaTeX の周辺環境というのはここ数年で劇的に改善された
今では TeXLive に完全な日本語 LaTeX 環境が含まれているので安心して TeXLive をインストールするべき
Installing TeX Live over the Internet - TeX Users Group
また Mac の場合は TeXLive ベースの MacTeX もあるのでそちらの方が便利かもしれない
文字コードは UTF-8 に
文字コードは当然のごとく UTF-8 にする
まだ pLaTeX では UTF-8 のネイティブ対応はされていない（別プロジェクトとして upLaTeX などはある）が，UTF-8 を使った場合は内部的に EUC に変換して擬似的に対応している
そのため PDF のラベルなどが文字化けすることがあるが，それは EUC で使う場合と同じ対策が必要になる
また最近の LaTeX は nkf 相当の文字コード判定機能も含まれているので文字コードを意識することはない
唯一意識しなければならないのは外部パッケージを読み込む際で，pLaTeX では文字コードが JIS であれば常に読み込めるので UTF-8 以外の文字コードを使用している人とスタイルファイルを共有しなければならない場合などは JIS にしなければならない
しかし全て UTF-8 で統一する方が管理が楽だと思うので普通はそちらをお勧めする
画像は PDF に
画像を EPS にしたがる人が多いが，EPS にするのはトラブルの元であるし，dvipdfmx で PDF に変換する際に Ghostscript を呼び出すので処理が一気に遅くなる
PDF ならファイルも軽いし，EPS よりはトラブルに巻き込まれることが格段に減るはずだ
新ドキュメントクラス（js*）は english オプションを
jsarticle などを使っている場合は english オプションを付与するだけで色々英語仕様になるので活用するとよいと思う