概要

PHP5.3を最新版ではなく5.6（もしくは何らかのバージョン）指定でアップデートしたい時の方法です
PHP5.3はApache2.2系、PHP5.6はApache2.4系と依存関係があるので、一緒にアップデートする必要があります
Apache再インストールの際にダウンタイムが発生するので、必要であればメンテナンス時間を設けましょう

流れ

サーバーの状態を確認
現在のPHP,Apacheをアンインストール
アップデート対象バージョンのPHP,Apacheをインストール
（必要な場合）Apacheのhttpd.confを修正
Apacheを起動

手順

OSの確認

対象サーバーにSSHでログインして以下コマンドを実行

# cat /etc/system-release

PHPバージョンの確認

# php -v
PHP 5.3.29 (cli) (built: May 12 2015 22:42:19)
Copyright (c) 1997-2014 The PHP Group
Zend Engine v2.3.0, Copyright (c) 1998-2014 Zend Technologies

インストールされているPHPおよびライブラリのバージョン確認

# yum list installed | grep php
php.x86_64                           5.3.29-1.8.amzn1              @amzn-main
php-cli.x86_64                       5.3.29-1.8.amzn1              @amzn-main
php-common.x86_64                    5.3.29-1.8.amzn1              @amzn-main
php-mbstring.x86_64                  5.3.29-1.8.amzn1              @amzn-main
php-mysql.x86_64                     5.3.29-1.8.amzn1              @amzn-main
php-pdo.x86_64                       5.3.29-1.8.amzn1              @amzn-main
php-xml.x86_64                       5.3.29-1.8.amzn1              @amzn-main

インストールされているApacheのバージョン確認

# yum list installed | grep httpd
httpd.x86_64                         2.2.34-1.16.amzn1             @amzn-updates
httpd-tools.x86_64                   2.2.34-1.16.amzn1             @amzn-updates

インストール可能なPHPおよびライブラリのバージョン確認

# yum list available | grep php
（〜中略〜）
php56.x86_64                          5.6.40-1.143.amzn1            amzn-updates
php56-cli.x86_64                      5.6.40-1.143.amzn1            amzn-updates
php56-common.x86_64                   5.6.40-1.143.amzn1            amzn-updates
php56-mbstring.x86_64                 5.6.40-1.143.amzn1            amzn-updates
php56-pdo.x86_64                      5.6.40-1.143.amzn1            amzn-updates
php56-xml.x86_64                      5.6.40-1.143.amzn1            amzn-updates
php56-mysqlnd.x86_64                  5.6.40-1.143.amzn1            amzn-updates
（〜以下略〜）

php.iniのバックアップ

# cp /etc/php.ini /home/php.ini.yyyymmdd

httpd.confのバックアップ

# cp /etc/httpd/conf/httpd.conf /home/httpd.conf.yyyymmdd

インストール済みPHPおよびライブラリの削除

# yum remove php
# yum remove php-common
# yum remove php-cli
# yum remove httpd
# yum remove httpd-tools

PHP5.6およびライブラリのインストール

※Apacheは依存関係で自動的にインストールされる

# yum install php56 php56-common php56-cli

httpd.confの修正

バックアップしたhttpd.confを読み解き、必要な設定を加える

# vi /etc/httpd/conf/httpd.conf

2.2系と2.4系でアクセス許可設定の記法が変わっているので注意
（参考：https://qiita.com/nwsoyogi/items/c8eb1fedef3c00c5fbac）

2.2系

<Directory "/home/xxx/htdocs">
    Order allow,deny
    Allow from all
</Directory>

2.4系

<Directory "/home/xxx/htdocs">
    Require all granted
</Directory>

Apache起動

# service httpd start

確認

PHPのサンプルコードやPHPアプリケーション（phpmyadminなど）で動作確認ができたらOKです