HTML上に複数の同じようなコンテンツを置かざるを得ないケースに遭遇することってたまにあると思います。

たとえば

PCとスマホのコンテンツを同一ページ別DOMで用意するとき
多言語のコンテンツを同一ページに複数DOMで用意するとき
テンプレートを作って中身を変えずにクローンしまくるとき

本来サーバーサイドで出し分けるべきものの場合が多いですが、
訳あってフロントサイドしか触れないなど、やむを得ないケースはあるかと思われます。

そして、何かの手違いだったりやむを得ない事情で、IDも一緒にコピーしてしまうことがあるかと思われます。
要素のIDは重複してはならないのがルールですが、
実はCSSやJavaScriptではある程度許容されているような動作をします（おそらく仕様にない挙動ですので濫用はしないように）。

複数IDのフィルタリング

sample.html

<!DOCTYPE html>
<html lang="ja">
<head>
  <meta charset="UTF-8">
  <title>has duplicated</title>
  <style>
.env-1 {
  display: none;
}
  </style>
</head>
<body>
  <a href="#p1"></a>
  <a href="#p2"></a>
  <div class="env-1">
    <p id="p1">この親のdivはPCだとか。</p>
    <p id="p2">この親のdivはenだとか。</p>
  </div>
  <div class="env-2">
    <p id="p1">この親のdivはSPだとか。</p>
    <p id="p2">この親のdivはjaだとか</p>
  </div>

  <script src="https://code.jquery.com/jquery-1.11.3.min.js"></script>
</body>
</html>

このHTMLの2番目の<p id="p1">を取得する方法をいくつか。（※要jQuery）

↓こういうのは無理です。

$('.env-2#p')

↓これなら大丈夫みたいです。

$('.env-2').find('#p2');

↓これなら大丈夫（重複しているIDの2番目）

$('[id="p2"]').eq(1)

↓これでも大丈夫（重複しているIDの最後）

$('[id="p2"]').eq(-1)

↓これが実用的（DOMの可視／不可視をまるごと切り替えてるとき）

$('[id="p2"]:visible')

ページ内ジャンプの実装

最後の:visibleセレクタを用い、見えている方のIDの元へ飛んでいってくれるページ内ジャンプを書いてみました。

internal_link_with_duplicate_id.js

$('a[href^=#]').on('click', function() {
    var targetId = $(this).attr('href').slice(1);
    var selector = targetId ? '[id="' + targetId + '"]:visible' : 'html';
    var $target = $(selector);
    
    var dist = $target.offset().top;

    $('html, body').animate({scrollTop: dist});
});

デモ:
ID重複ページ内リンク - jsdo.it

補足

このように、属性セレクタ等を用いて重複したIDを取得できることがわかりましたが、
重ね重ねIDの重複はHTMLとしてはinvalidのため、出来る限り別IDにするか、クラスやデータ属性を使って回避しましょう。
（僕は基本的に実務でのIDの使用は極力避けてます。）

ちなみに、IDの重複チェッカーを作ったので、Validatorに通す前に軽くチェックするフローを挟むなど活用して頂ければ幸いです。
JavaScript - DOM上のIDの重複を検出する - Qiita