インストール

mac

ここからダウンロード。

そこの pdf にある "Connectの機能"の転送サーバにログインして¹、適当なサンプルで動作確認。

safari では普通に動作するが、最近の Google Chrome では以下のセッティングをする。

ここの説明通り、

chrome://flags/#enable-npapi

にアクセスして、有効に。

CentOS

ここからLinux用をダウンロード

$ tar zxf aspera-connect-3.6.0.106805-linux-64.tar.gz
$ sh aspera-connect-3.6.0.106805-linux-64.sh 
                                                                                  
Installing Aspera Connect                                                         
                                                                                  
Deploying Aspera Connect (${HOME}/.aspera/connect) for the current user only.
Restart firefox manually to load the Aspera Connect plug-in                       
                                                                                  
Install complete.

${HOME}/.aspera/connect/bin に ascp が出来るので、パスを通す。

NCBI

nr nt などのデータベースを落すのに²。

$ ascp -qT -l 200M -i ${HOME}/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:blast/db/nt.01.tar.gz.md5 ~/

-i はフルパス。

動作確認が取れたら、一週間に一回などのペースで md5 ファイルのチェックして、更新されたものを自動的にダウンロードして云々。

NCBI はアクセス過多だと遠慮無くアク禁登録する。心証を良くする意味も込めて、スクリプトは適度に sleep させるのを忘れずに、、、

速度チェック

hgc 倍近くかかるじゃん、、、

aspera

NCBI nt.01 820M

$ time ascp -qT -l 200M -i ${HOME}/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh anonftp@ftp.ncbi.nlm.nih.gov:blast/db/nt.01.tar.gz ~/blastdb
nt.01.tar.gz                                                                                                                                                                                                  100%  820MB 27.4Mb/s    04:11    
Completed: 839762K bytes transferred in 252 seconds
 (27264K bits/sec), in 1 file.
ascp -qT -l 200M -i    0.93s user 3.60s system 1% cpu 4:16.22 total

wget（hgc）

NCBI nt.01 820M³

$ time wget ftp://ftp.hgc.jp/pub/mirror/ncbi/blast/db/nt.01.tar.gz
1.74s user 9.32s system 2% cpu 8:01.22 total

wget（NCBI）

NCBI nt.29 811M⁴

$ time wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/nt.29.tar.gz
1.96s user 8.90s system 0% cpu 43:24.23 total

ユーザーとパスワードは、pdf に書いてある。 ↩
個人的には、 .sra にアクセスする必要は無い。 ↩
NCBI の現行データと同一ではなかった。が、サイズはほぼ同じ。 ↩
全く同じ物をダウンロードするのは何だか偲びなく、どうせ断トツで遅いのだからと、似たサイズのものでテスト。 ↩