塩基配列

perl のワンライナーに関しての、適当な解説 #1/#2/#3/#4

前提

single fasta を

$ perl -Mvars='$s' -lne 'next if />/ ; $s .= $_ }{ print $s' SOMETHING.fa 

してパイプしたものとする。

塩基数カウント

総数

| perl -lne 'print length'

特定塩基の数

| perl -lne 'my $s = $_ ; print $s =~ tr/Aa// '

| perl -lne 'my $s = $_ ; print scalar ( () =  $s =~ /A/gi )'

下はプログレッシブマッチなので、リストコンテキストで解釈してやらないと云々。

GC percent

| perl -lne 'my $s = $_ ; printf "%.2f",($s =~ tr/GCgc//) / ( length $s ) * 100'