perl のワンライナーに関しての、適当な解説 #1/#2/#3/#4
まず
公開前に、他のスニペットストックを見返して、あまりにも不親切なので、本当に、ざっとした解説を書こうかと思った。その2。
ここを読めって内容ですけど。
-0
| オプション | 意味 |
|---|---|
| -0 | ヌル文字区切りで読み込む。 |
| -00 | ファイルを段落毎読み込みする。 |
| -0777 | ファイルを丸呑みする |
段落読みは（ちょっと工夫が必要だけど） clustalw 形式のアライメント出力を読み込む時に良い
'B=Deparse' を利用して、何をしているかを表示してやる。
$ perl -MO=Deparse -0 -lane 'print'
BEGIN { $/ = "\n"; $\ = "\000"; }
LINE: while (defined($_ = <ARGV>)) {
chomp $_;
our(@main::F) = split(' ', $_, 0);
print $_;
}
わざわざ diff 取る必要もないけど、、、
$ diff <(perl -MO=Deparse -0 -lane 'print' ) <(perl -MO=Deparse -00 -lane 'print' )
1c1
< BEGIN { $/ = "\000"; $\ = "\000"; }
---
> BEGIN { $/ = ""; $\ = "\n\n"; }
$ diff <(perl -MO=Deparse -0 -lane 'print' ) <(perl -MO=Deparse -0777 -lane 'print' )
1c1
< BEGIN { $/ = "\000"; $\ = "\000"; }
---
> BEGIN { $/ = undef; $\ = ""; }
bash, zsh のプロセス置換は、良いです。
-a
-p(n) 適用時。
自動的に $_ を split (' ') して、@F にセットする。
コマンドラインツール awk のデフォルトの振る舞いをエミュレートします。
引用元
なので注意が必要です。
-F
-a 適用時の区切り文字を指定出来ます。
split /REGEX/ の REGEX 部分だと考えて良いので、正規表現で指定してやるのが吉です。
例
| オプション | 利用方法 |
|---|---|
| -F'\t' -lane | タブ区切りテキストを開く |
| -F',' -lane | CSV を開く |
| -F'>' -0777 -ne | ファスタ毎に split（'>' 除く） |
| -F'(?=>)' -0777 -ne | ファスタ毎に split（'>' 残す） |
> で split した場合には、@F の最初の要素にノイズが残る
(?=>) これは正規表現における先読み言明。上述のノイズの心配は無い
先読み後読み言明
ここを読むべきでしょう。
bioinformatics 的には、上記 fasta のスプリットや、制限酵素断片の算出など色々な所で使える。後々のコード随所に現われる
-M/-m
モジュール読み込み
$ perl -Mstrict -Mwarnings -lne '...'
などとして使う
なお、違いは、
$ perl '-Mvars qw(@a)' -lne '...'
$ perl -M'vars qw(@a)' -lne '...'
出来るか出来ないかだけの模様
普通に -mvars='@a' 出来るんだから、必要無いよ、この差
no モジュール
消すのもアレなので残しておくが、
思いの外実用性が無い事が判明したので、覚える必要は無い。
-M + - + モジュール名で no を指定出来る。
例えば、no warnings qw(newline) を明示的に指定したい場合。
$ perl -M-warnings=newline -e 1
変数宣言
export PERL5OPT='-Mstrict -Mwarnings'
している諸兄も多いだろう中、ワンライナーを書こうとすると変数宣言で問題になる事がある。
普通に、use vars して対応。
$ perl -Mvars='@a' -lne '...'
初期値を入れたい場合には、
$ perl -Mvars='@a' -lne 'BEGIN{ @a = 1 .. 10} '
PERL5OPT
オプションを予め指定する環境変数です。上述の様に strict, warnings を効かせる他に、
- Data::Dumper
- Storable
などを有効にしとくと便利
例えば、
$ export PERL5OPT='-MStorable=nstore,retrieve -MData::Dumper'
しとけば、
$ perl -le 'nstore {qw(foo bar)} , q{test.db}'
hash などをちょっと保存して、、
$ perl -le 'print Dumper retrieve q{test.db}'
$VAR1 = {
'foo' => 'bar'
};
他のワンライナーから、さくっと利用する事が可能
Dumper は Data::Dumper より
B::Deparse
-0 の項の例にある通り -MO=Deparse` を付けて確認するのは常識。
もっと知りたければ perldoc B::Depase して下さい。
何で、'B::' で何で、 -MO= なのかはここ
$ perl -MO=Deparse -0 -lane 'print' > SOMETHING.pl
などとして、ワンライナーで仮スクリプトを作成した後に、本スクリプトの雛形に用いるのも良い。
次回へ。