次の記事のようにKarabiner-Elementsというアプリを使って簡単にできそう。
Macbook : macOS Sierraで外付けキーボードを指した時、Macbookのキーボードを無効化 - Qiita
しかし手順通りチェックを入れても無効化されないし、アプリを再起動するとチェックが外れている。
どうやら設定情報は~/.config/karabiner/karabiner.jsonに保存されるらしいが~/.config/karabinerというディレクトリそのものがない。
原因は~/.configが別のアプリによって使われており、かつ書き込み禁止になっていたためKarabiner-Elementsの設定を保存できなかったようだ。
私の場合は~/.configの中身を一応バックアップ取っておいてディレクトリを作り直した。
$ ls ~/.config
configstore wireshark
$ sudo mv ~/.config /tmp/config_backup
$ mkdir ~/.config
あとは、Karabiner-Elementsを再起動して、チェックを入れると内蔵キーボードが無効化された。
一応見てみるとkarabinerディレクトリが作成されている。
$ ls ~/.config
karabiner
補足：解決しなかったらissueを見ましょう。（今回は見つからなかったけど）
https://github.com/pqrs-org/Karabiner-Elements/search?q=%22disable+built-in+keyboard%22&unscoped_q=%22disable+built-in+keyboard%22&type=Issues