DVDのVOBファイルは以下のような構成になっている。

Stream #0:0[0x1bf]: Data: dvd_nav_packet
Stream #0:1[0x1e0]: Video: mpeg2video (Main), yuv420p(tv), 720x480 [SAR 32:27 DAR 16:9], 6000 kb/s, 30.37 fps, 59.94 tbr, 90k tbn, 59.94 tbc
Stream #0:2[0x80]: Audio: ac3, 48000 Hz, 5.1(side), fltp, 448 kb/s
Stream #0:3[0x81]: Audio: ac3, 48000 Hz, 5.1(side), fltp, 448 kb/s
Stream #0:4[0x20]: Subtitle: dvd_subtitle
Stream #0:5[0x21]: Subtitle: dvd_subtitle

このうち stream 0:1がvideo、
0:2が英語の音声、0:3が日本語吹き替え
0:4が日本語字幕、0:5が英語字幕
となっている。

動画0:1と0:2の英語音声、0:4の日本語字幕を用いる場合

http://xanadu62.blogspot.jp/2013/05/ffmpegdvd.html
を参考に

cat VTS_01_[1234].VOB |
nice ffmpeg -analyzeduration 120M -probesize 120M
-ifo_palette VTS_01_0.IFO -i -
-filter_complex "[0:1][0:4]overlay[1]"
-map [1] -c:v libx264 -preset veryfast
-map 0:2 -c:a ac3 test.mp4