2017年9月23日時点で、最新版の型定義を持ってくれば、次のような定義になります。

React.Component<Props, State = void>

DefinitelyTypedにある定義と同様の形式になっています。もはや迷うことはなくなったでしょう。

出典

DefaultProps を除去しているコミット
https://github.com/facebook/flow/commit/20a5d7dbf484699b47008656583b57e6016cfa0b#diff-5ca8a047db3f6ee8d65a46bba4471236R29

該当行
https://github.com/facebook/flow/blob/20a5d7dbf484699b47008656583b57e6016cfa0b/lib/react.js#L29

以下の内容は古くなっています

React.Component<DefaultProps, Props, State> {}

flowのDocsのReactのページには今のところ明記されていない。
(<void, Props<...>, State<...>>となっていて最初が不明)

TypeScript(DefinitelyTypedにあるd.ts)の場合は<Props, State>になっているので、移行の際は注意が必要。

出典

例

// @flow
import React from 'react';

type State = {count: number};
type Props = {count: ?number};
type DefaultProps = Props;

class Counter extends React.Component<DefaultProps, Props, State> {
  state: State; // WTF

  constructor(props: Props, context: any) {
    super(props, context);
    this.state = {count: 0};
  }
  static defaultProps = {count: 0};
}