##環境
windows server 2008 R2
IIS 8.0

##Serverを消す

Global.asax.cs

protected void Application_PreSendRequestHeaders(){
    Response.Headers.Remove("Server");
}

##X-AspNetMvc-Versionを消す

Global.asax.cs

protected void Application_Start(){
    MvcHandler.DisableMvcResponseHeader = true;
    AreRegistration.RegisterALLAreas();

}

##X-AspNet-Versionを消す

Web.config

<system.web>
:
<httpRuntime enableVersionHeader ="false" />
:
</system.web>

##X-Powered-Byを消す

Web.config

<system.webServer>
:
<httpProtocol>
 <customHeaders>
  <remove name ="X-Powered-By" /> //addで任意のヘッダを追加できる(X-Frame-Optionsなど)
 </customHeaders>
<httpProtocol>
:
</system.webServer>

反映されない場合はIISを再起動。

HTTP層で管理されているものがGlobal.asax.cs、
Webアプリケーション層で管理されているものがWeb.configを編集
という認識であっているのか...