この記事の内容は、Xcode 10で動作を確認しました。

@ichimotsさんからコメントでちゃんとした対処方法を教えてもらいました。

Storybard Referenceを使ってStoryboardを分割したけど、InterfaceBuilderでNavigatonBarが表示されないから、InterfaceBuilderを使ってNavigationBarにボタンを追加したりできない。Storyboard内にダミーのNavigationControllerを用意することでInterfaceBuilderでNavigationBarが編集できるようになります。

InterfaceBuilderには、NavigationBarの表示を明示的に有効にする機能が存在しています。
https://qiita.com/azechi/items/4c53af6ed7a80161c5f6#comment-1c1f74d7a5bc58370877