結論

AssetsフォルダにあるLitJSONのAssemblyInfo.csを削除したら直りました。

#原因
LitJsonはjsonライブラリです。ビルドしてLitJson.dllをUnityにインポートして使うようですが、ローカル環境のMac OSX Yosemiteではビルドできなかったのでsrc/以下のファイルをUnityのAssets以下に入れて使っていました。
その中にあるAssemblyInfo.csの

using System.Reflection;

でエラーが発生していたようです。(詳細不明)

#経緯
WWW通信でJsonオブジェクトを取りたいとLitJsonをインポート、その時は特に問題なく、スクリプトを書いていたのですが、新たにシーンを作ったところ以下のエラー発生。


Unhandled Exception: System.Reflection.ReflectionTypeLoadException: The classes in the module cannot be loaded.
  at (wrapper managed-to-native) System.Reflection.Assembly:GetTypes (bool)
  at System.Reflection.Assembly.GetExportedTypes () [0x00000] in <filename unknown>:0 
  at Mono.CSharp.TypeManager.LoadAllImportedTypes () [0x00000] in <filename unknown>:0 
  at Mono.CSharp.Driver.Compile () [0x00000] in <filename unknown>:0 
  at Mono.CSharp.Driver.Main (System.String[] args) [0x00000] in <filename unknown>:0

シーン内にあるゲームオブジェクトを削除してもダメ、それどころか他のシーンも同様のエラーで動かなくなっていました。

Unityのどっかがおかしくなったと思い、新たにプロジェクトを作ってAssets以下をコピーしたもののダメ。ということは問題なのはAssets以下なので、空のシーンを作り、バックアップを取ってImages,Audio,Animation...と一つ一つフォルダを消していきました。
Scriptsを消したところでエラー解消。
バックアップからScriptsを復元し再度エラーを起こし今度はScriptsの中のファイルを一つ一つ消していったところLitJsonでエラー解消。
LitJsonの公式サイトに行ったところdllが配布されていたのですが、その時たまたまネット回線が悪くDL出来なかったため自力でビルドしようとPKG_CONFIGとgmbcのパスを設定してmakeしたものの

error CS0016: Could not write to file `LitJson', cause: Could not find a part of the path "/Users/kaeruko/Desktop/honmaru/Assets/Scripts/LitJson/bin/LitJson.dll".

というエラーが出て出来ませんでした。
makefileも見たのですがLitJson.dllを生成してるところがどこかよくわからず、
LitJson.dllってビルドして出来るものじゃないの？
なんでビルド時に要求されるんだ…と思いながらLitJsonフォルダを見るとひとつだけ毛色の違うファイルを発見。

消したところ動きました。
中を見ると

AssemblyInfo.cs

using System;
using System.Reflection;
using System.Runtime.CompilerServices;


[assembly: CLSCompliant (true)]

[assembly: AssemblyTitle ("LitJson")]
[assembly: AssemblyDescription ("LitJSON library")]
[assembly: AssemblyConfiguration ("")]
[assembly: AssemblyCompany ("")]
[assembly: AssemblyProduct ("LitJSON")]
[assembly: AssemblyCopyright (
    "The authors disclaim copyright to this source code")]
[assembly: AssemblyTrademark ("")]
[assembly: AssemblyCulture ("")]

[assembly: AssemblyVersion ("@ASSEMBLY_VERSION@")]

と、エラー内容と合致していました。

はぁ、インスペクタからまたゲームオブジェクト設定しなきゃ…